Una vez finalizada la fase de convocatoria y postulaciones, entramos a la fase II, que corresponde a la evaluación de los informes que presentaron las organizaciones que postularon al Premio Salvadoreño a la Calidad o al Reconocimiento a las Mejores Prácticas.

La fase II se compone de dos etapas: en la primera etapa, los evaluadores de forma individual analizan los informes de postulación analizando conforme al cumplimiento de los criterios y subcriterios de la guía, identificando fortalezas y oportunidades de mejora; en la etapa II, los evaluadores se reunen en equipos correspondientes al informe que les fue asignado y en consenso elaboran un informe de consenso sobre las fortalezas y oportunidades de mejora identificadas.